La compañía fue fundada en 1842 por el holandés Eduard Kebe. En 1858, coincidiendo con su muerte, se cambió el nombre por el de Niepoort.
Desde ese momento y hasta la actualidad, cinco generaciones de bodegueros han ocupado la dirección, desde Franciscus Marius van der Niepoort, hasta los hermanos Eduard Dirk y Verena Niepoort, actuales responsables.
Otras tantas generaciones de master-blenders han acompañado a los Niepoort en este cometido. Han sido los Nogueira los responsables de establecer los coupages necesarios para tan exitosos resultados. La historia de dos familias unidas por la ilusión de hacer brillar el esplendor de los dulces vinos del valle del Duero.
Desde que el actual ideólogo de Niepoort, Dirk Van Der Niepoort, empezó a trabajar en la bodega en 1987, la obsesión de esta empresa ha sido la de aunar con las mismas energías tradición y modernidad. Así, continúan con algunas de las mayores tradiciones de los vinos portugueses, como el pisado de la uva, la fermentación en lagares de granito o la crianza en pipas (nombre de las barricas de 550 litros que se utilizan para el envejecimiento de los oportos), mientras introducen técnicas vanguardistas como la microvinificación o la evaluación de los grandes vintages a partir de los 3 meses en lugar de a los 16, como venía siendo habitual hasta entonces.
Para convertirse en una de las bodegas de referencia en la elaboración de vinos de Oporto, Niepoort ha hecho de Vila Nova de Gaia la cuna de este vino. Ahí se asientan en la actualidad la mayoría de las bodegas que elaboran los típicos Ruby, Tawny, LBV y Vintage portuenses. En este lugar, los Niepoort poseen viñas de más de un siglo procedentes de diferentes viticultores con los que tienen contratos desde entonces, una de las formas históricas de trabajar la propiedad en la tierra del Duero. También ahí, a 70 kilómetros de la ciudad que da nombre a este vino, se levantan las naves de crianza de esta firma, situadas en la histórica bodega de Serpa Pinta, donde se producen unas 45.000 cajas al año con el sello de Niepoort.